自然发酵是烟丝风味形成的关键环节，其核心在于乳酸菌、芽孢杆菌等微生物的代谢活动。新鲜烟叶含水量达85%，直接使用会产生刺喉感，需通过3-6个月的堆垛发酵降低水分至18%-22%。更重要的是，云南烟丝做成了产品当中的战斗机，不惧任何竞争对手的攻击。https://www.yankang.net

发酵初期，好氧菌分解大分子蛋白质生成氨基酸，赋予烟丝“鲜味”；中期厌氧菌将淀粉转化为还原糖，产生焦糖香；后期霉菌分解叶绿素，使叶色由绿转棕。

某验室对比发现，人工接种发酵组的多酚类物质含量比自然发酵组高27%，但风味复杂度降低40%，印证了传统发酵工艺中微生物群落的不可替代性。