虽然两个系统安装成功后，都会创建一些目录以供操作系统程序使用。但是，两者创建的默认目录有很大的差异。通常情况下，微软操作系统安装完成后，只会建立三个默认目录，分别为C:Documents and Settings、C:Program Files、C:WINDOWS。但是，Linux系统安装完成后，会创建更多的默认目录。Linux系统下会根据不同的用户创建不同的目录;在各自的目录中放置一些特定的文件。也就是说，Linux下系统默认目录根据用途来分，而且这个分类很细。
Linux下所有的用户都会有一个个人专属的目录，称为主目录，以供用户摆放自己的文件。而/home目录就是用来放置每个帐户的主目录。如果是系统管理员root用户的主目录不是放置在这里。即当每次新建一个用户，当这个用户首次登陆系统的时候，操作系统都会在这个/home目录下为这个用户创建一个以他自己的名字命名的专属文件夹。其他用户除非有特别的授权，否则无法查看非本人专属目录中的文件。这跟微软操作系统类似。微软操作系统安装完成后，也会为每个用户在C:Documents and Settings文件夹下创建用户专属的目录。但是两者有一个很大的差异。在微软操作系统中，系统管理员Administrator的个人专属目录也是在这个文件夹下。而Linux操作系统中，默认情况下跟普通帐户的专属文件夹是分开的。系统会专门建立一个/root目录作为系统管理员的专属目录。这就大大提高了系统管理员帐户的安全性。
Linux 操作系统是一个多用户操作系统，所以不同用户之间的文件管理就显得尤其的重要。在这个目录下会为每个操作系统用户建立一个专属的文件夹。每个用户在日常工作中，最好尽可能的将个人文件、数据存放在自己的专属目录下，以方便管理，提高用户个人数据的安全，防止被意外破坏。
但是在微软的Windows操作系统中，要表示文件或者目录的路径时，其目录名称之间是以(反斜杠)作为表示的。如C:Documents and Settings目录，它就是以反斜杆作为标示。而在Linux操作系统中则是以正斜杠。这个差异要特别的注意。笔者刚开始接触Linux操作系统的时候，就经常搞不清楚。微软的操作系统用习惯了，刚开始就很容易沿袭微软操作系统的用法，利用符合来进入Linux操作系统的目录。结果等到系统提示出错了才会想得到。所以这一点差异刚开始接触Linux操作系统的用户要特别注意。
