在Nios II系统中,应用软件架构在HAL(硬件抽象层)和C标准库函数上。在Nios II IDE 中建立新的软件工程时,IDE会根据SoPC Builder对系统的硬件配置自动生成一个定制HAL系统库。这个库能为程序和底层硬件的通信提供接口驱动程序,HAL系统库为CF卡接口控制器内核提供了两组直接访问设备寄存器的API函数,其中一个是针对IDE任务文件(ATA)寄存器的,主要提供了对标准的实IDE模式寄存器的访问设,另一个是针对CF接口控制寄存器的,主要提供了对电源,复位,插入或移除检测和中断的控制。设计者只需要调用这些函数就可以访问外部设备。